中国青年科学家奖：
王志新(1994)

中国青年女科学家奖：
吴嘉炜(2011)　颜　宁(2012)

中国青年科技奖：
陈国强(2004)　陈晔光(2006)　颜　宁(2011)　戚益军(2013)

第一届亚太分子生物学网络阿瑟科恩伯格纪念讲演奖：
李　蓬(2008)

清华大学“学术新人奖”：
闫永彬(2007)　鲁　志(2011)　朱　听(2015)

教育部跨世纪人才：
刘进元(1993)　陈国强(1995)　孟安明(2001)

教育部“新世纪优秀人才支持计划”：
李　珍(2004)　吴　畏(2006)　闫永彬(2007)　吴　琼(2008)　陶庆华(2009)　杨茂君(2009)
王新泉(2010)　鲁　志(2011)　刘万里(2013)

香港求是奖获得者：
王志新(1997)　陈应华(1999)　饶子和(1999)　孟安明(2000)

中国科协求是杰出青年成果转化奖：
罗永章(2006)

求是杰出科学家奖：
施一公(2010)

爱明诺夫奖：
施一公(2014)

973、重大研究计划首席科学家：
973首席科学家
饶子和(1999)　王志新(1999)　孟安明(2005)　陈晔光(2009)　陈国强(2011)　李　蓬(2012)
重大研究计划首席科学家
吴　畏(2006)　李　蓬(2007)　施一公(2008)　隋森芳(2010)　孟安明(2010)　刘玉乐(2010)　
王新泉(2011)　柴继杰(2013)　颜　宁(2014)

谈家桢生命科学成就奖：
成就奖： 施一公(2010)　孟安明(2012)
创新奖： 陈国强(2011)　柴继杰(2011)　颜　宁(2012)　吴嘉炜(2013)　俞立(2013)

何梁何利
饶子和：2003年度“何梁何利基金科学与技术进步奖”
孟安明：2007年度“何梁何利基金科学与技术进步奖”
陈晔光：2008年度“何梁何利基金科学与技术进步奖”
罗永章：2009年度“何梁何利基金科学与技术创新奖”
李　蓬：2012年度“何梁何利基金科学与技术进步奖”
颜　宁：2014年度“何梁何利基金科学与技术进步奖”